Comparamos NCBI y DDBJ

Esta entrada va a tratar sobre aspectos interesantes que podemos encontrar en las principales Bases de Datos en cuanto a Biociencia se refiere: el NCBI (National Center for Biotechnology Information) de EE.UU. y en el DDBJ (DNA Data Bank of Japan). 

Comenzaremos con el NCBI, base de datos que ya hemos manejado en entradas anteriores. En la página principal, nos aparece un listado con distintas categorías (en las que se engloban las diferentes bases de datos).

• Chemicals & Bioassays
• Data & Software
• DNA & RNA
• Domains & Structures
• Genes & Expression
• Genetics & Medicine
• Genomes & maps
• Homology
• Literature
• Proteins
• Sequence Analysis
• Taxonomy
• Training & Tutorial

Una de las opciones más interesantes que podemos encontrar es BLAST. BLAST (Basic Local Algnment Search Tool) es una herramienta informática de alineamiento de secuencias de tipo local (ADN, ARN o proteínas), es decir, compara una secuencia problema frente al resto de secuencias que se encuentran en la base de datos. Para ello, emplea un algoritmo heurístico.

Dentro de Proteins podemos encontrar Protein Clusters, una base de datos que incluye secuencias proteicas relacionadas (clusters) entre sí, codificadas por genomas completos.

Otra opción interesante la encontramos dentro de la categoría Gene & expresión: Genes & Disease. Esta base de datos reúne información de determinados trastornos genéticos, acompañada de discusiones sobre las respectivas mutaciones y características clínicas, así como enlaces de bases de datos y organización relacionadas.

En Homology encontramos Conserved Domain Database (CDD). Esta base de datos colecciona alineamientos entre secuencias y los perfiles que representan los distintos dominios de proteínas conservadas en la evolución molecular.

Por último mencionaremos Taxonomy, base de datos que contiene los nombres y linajes filogenéticos de más de 160.000 organismos con datos moleculares en el resto de bases de datos del NCBI.

Sobre el DDBJ cabe mencionar que se trata de la única base de datos de secuencias de nucleótidos en Asia certificada oficialmente. DDBJ recopila datos de secuencias principalmente por investigadores japonenes, pero por supuesto, acepta datos y emite números de acceso de investigadores de cualquier otro país. 

En la página principal, encontramos diversas pestañas que nos dirigen a distintas opciones (Inicio, guía de funcionamiento, búsqueda, estadísticas, contacto...). 

Si hacemos click en Search Analysis accedermos a una colección de Bases de Datos clasificadas en distintas categorías (análisis de genoma, filogenética...). Para obtener más información sobre cada una de ellas basta con hacer acceder a su respectivo enlace. 

Por supuesto y como podéis comprobar, sólo hemos seleccionado una pequeña parte de la enorme cantidad de subcategorías que componen ambas Bases de Datos. Desde aquí os animo a que investiguéis por vosotros mismos, ya que toda la información necesaria para manejarlas la podréis encontrar en sus respectivas guías.

¡Ánimo y hasta la próxima entrada!