Bioscience me!: Bienvenida y comienzo

¡Bienvenidos a Bioscience Me!

Este blog surge para acercar al lector al ámbito de la Biociencia, con especial interés por la Bioinformática, una de las ramas que má relevancia está adquiriendo en los últimos años. Así pues, las primeras entradas de este blog estarán dirigidas al manejo de diferentes bases de datos, lo que nos permitirá extraer una gran cantidad de información sobre nuestra diana biológica de interés. Para ello, nuestro objetivo será resolver las tareas propuestas en clase de Biosíntesis de Macromoléculas.

Sin nada más que añadir (por el momento)... ¡Comencemos!

En esta primera entrada nos vamos a introducir en el manejo del National Center for Biotechnology Information (NCBI), una de las más importantes Bases de Datos del ámbito Científico. Analizaremos algunas secuencias de ácido nucleico pertenecientes al fragmento 17 del cromosoma 4 de Arabidopsis thaliana (número de accesión AL161505.2) y las representaremos en un esquema gráfico.

El número de accesión nos dirigirá directamente a las anotaciones de la secuencia correspondiente. Llegados a este punto, buscaremos los CDS (coding sequence).

Podremos encontrarnos dos casos distintos, que se ejemplifican a continuación:

Primer caso. CDS: join(21183..21320, 21398..21662, 21795..21897, 21973..22195)

El término join indica que el RNA maduro será resultado de la unión de los distintos exones que se incluyen a continuación en la secuencia, entre paréntesis y separados por comas.

Haciendo en click en gene, podremos visualizar la secuencia del gen completa:

A continuación se muestra una forma esquemática de representar el proceso de transcripción de este gen:

Segundo caso. CDS: complement(join(29065..29454, 29519..29703, 30603..30969, 31062..31307, 31359..31484))

En este caso, el término complement nos indica que la cadena sentido es la complementaria a la que nos muestra la base de datos. Del mismo modo que en el ejemplo anterior, join indica que el RNA maduro será el resultado de la unión de los exones del gen, que se muestran entre paréntesis y separados por comas.